В файл /etc/my.cf
добавляем строки
log-queries-not-using-indexes
log=/var/log/mysql-queries.log
log-error=/var/log/mysql-errors.log
log-slow-queries=/var/log/mysql-slow-queries.log
UPD. В более новых версиях MySQL
—log-slow-queries признано устаравешим и теперь рекомендуется использовать
—slow-query-log
Файлы для ведения логов лучше создать вручную. И не забываем про права!
touch /var/log/mysql-queries.log
touch /var/log/mysql-errors.log
touch /var/log/mysql-slow-queries.log
chown mysql:mysql /var/log/mysql*
chmod 640 /var/log/mysql*